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Fue el 15 de enero de 1995 cuando el Instituto Electoral del Estado de Guanajuato inició sus actividades como órgano público autónomo. Su esencia radica en: independencia funcional, carácter permanente, personalidad jurídica, patrimonio propio y facultad reglamentaria.

Su principal función es organizar los procesos electorales en el estado. Con ello, se inició la consolidación del sistema político-electoral local y nacional que ha contribuido a la construcción de la democracia en nuestro estado.

Las elecciones electorales en el estado antes de la creación del Instituto Electoral del Estado de Guanajuato.

El 29 de enero de 1991 se formó la Comisión Estatal Electoral como un organismo autónomo de carácter permanente, con personalidad jurídica propia, facultado para  garantizar el derecho de organización política de los guanajuatenses y responsable de la preparación, desarrollo y vigilancia de los procesos electorales en el estado y municipios.

La Comisión se integraba por:

• Secretario de Gobierno (que ocupaba en ocasiones el cargo de presidente)
• Secretario (nombrado por la Comisión Estatal Electoral a propuesta del presidente)
• Comisionados del Poder Legislativo (nombrados por el Congreso)
• Comisionados de los partidos políticos (su número dependía del porcentaje de votación inmediata anterior que obtuviera cada partido).

En junio de 1991 la Comisión Estatal Electoral organizó los comicios para elegir gobernador y diputados, registrándose amplia participación de la ciudadanía.

Los resultados generaron insatisfacción en el electorado, lo que abrió la puerta a una etapa de transición institucional de los órganos facultados de los procesos electorales en Guanajuato; fue así que gobierno, partidos políticos y sociedad civil dieron los primeros pasos hacia una reforma política.

El 14 de noviembre de 1992 se firmó el primer ‘Acuerdo de coordinación y colaboración institucional para el marco jurídico, político-administrativo en materia electoral’, pactado por el Ejecutivo Estatal y el representante del Poder Legislativo de Guanajuato

 Derivado del acuerdo surgió la Comisión para la Reforma Política del Estado de Guanajuato (CORPEG) que pretendía la creación de un nuevo marco normativo que garantizara certeza e imparcialidad en las contiendas electorales. Sin embargo, los comicios de 1994 se rigieron por el Código Electoral de 1991.

Junto con el cambio de legislatura estatal de 1994 se hicieron reformas al Código Electoral;  y en noviembre de ese mismo año se logró la reforma político-electoral que dio origen al Instituto Electoral del Estado de Guanajuato.