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Nuestro aparato digestivo está colonizado desde el nacimiento por una compleja y diversa colección de microorganismos. De entre las más de 400 especies descritas, unas 30 ó 40 representan el 99% de los mismos y forman lo que se ha dado en llamar la "flora microbiana". La flora microbiana normal es un delicado equilibrio que puede variar entre las distintas poblaciones e individuos, debido, entre otros factores, a las particularidades de cada persona y sus hábitos o costumbres alimentarias. Los microorganismos que constituyen la flora microbiana tienen una gran influencia en muchas características bioquímicas, fisiológicas e inmunológicas de nuestro organismo. Presentan, también, gran importancia médica dado que componentes de la flora normal pueden causar infecciones cuando se establecen en regiones distintas de la gastrointestinal (por ej. bacterias inofensivas para el intestino pueden originar cistitis cuando llegan a introducirse en el aparato urinario e incluso pueden seguir su invasión pasando por los uréteres y llegar hasta los riñones).